Sağlığı Dolmabahçe Sarayı'nda takip ediliyor, ancak ilerleyen günlerde durumu giderek ciddileşiyordu. İlk ağır komaya girdiği 17 Ekim 1938'de, ateşi 38.5 dereceye çıkmış, düzensiz nefes alıp veriyor ve ciddi ağrılar çekiyordu. O dönem birçok Türk ve yabancı doktor, Atatürk’ün sağlığıyla ilgileniyordu. Bunların arasında profesörler Akil Muhtar Özden, Mim Kemal Öke, Neşet Ömer İrdelp, Mehmet Kamil Berk gibi isimler bulunuyordu.
Özellikle Alman doktor Hans Eppinger'in Atatürk'e saligran adı verilen cıva içerikli bir ilaç verdiği iddia edilmektedir. Eppinger’in tedavi yöntemleri ve bu ilaç kullanımı sonradan oldukça tartışmalı hale gelmiştir. Saligran ve bazı diğer ilaçların yan etkilerinin özellikle karaciğer yetmezliği gibi durumları kötüleştirdiği iddia edilmiştir.
Buna ek olarak, o dönem alternatif tedavi yöntemleri de uygulanmıştı. Bunların bir kısmı Atatürk'ün yakın çevresindeki dostları tarafından önerilmişti; örneğin, alternatif olarak sıcak zar uygulaması gibi tedavi yöntemleri denendi. Bu süreçte halkın durumu bilgilendirilmesi konusu da tartışmalıydı. 20 Ekim'de hekimler arasında Atatürk'ün durumu hakkında bir rapor yayınlanıp yayınlanmaması konuşulmuş, ancak hükümetle birlikte alınacak kararlar öncelikli hale getirilmişti.
Sonuç olarak, Atatürk'ün sağlık durumu giderek kötüleşmiş ve tedaviler yetersiz kalmıştı. Bazı doktorların yanlış tedavi ya da ihmalde bulunup bulunmadığı konusu tarihçiler arasında hala tartışılan bir konudur, fakat Atatürk'ün vefatında erken tanı ve modern tedavi olanaklarının eksikliği de önemli bir etkendir.